Gökçeada'nın akvaryum gibi sularında 144 balık türü görmek mümkün. Sadece 5-15 metre arasında 76 tür balık dolaşıyor.
Gökçeada ve çevresinde avlanan balık türlerine örnek vermek gerekirse:sardalya, uskumru, kolyoz, orkinos, kılıç, palamut, istavrit, barbunya, tekir, kırlangıç, sarpa, melanur, mercan, karides, istakoz, kalamar, ahtapot.
Bu balıkların bir kısmı ada içinde satılırken, büyük kısmı kamyonlarla Çanakkale'ye gönderiliyor.

Amatör balıkçılar daha çok Kaleköy limanda balık tutuyorlar. İki fener ve mendirekteki kayaların arkası balıkçıların görüldüğü mevkiiler.
Ada sularında hobi olarak zıpkınla avlanmak yasak değil.

Rumların göçünden sonra ivme kaybeden balıkçılık 1987 yılında Karadenizli vatandaşlar için bir iskan köyünün(Şahinkaya) kurulmasından sonra önem kazanmış. Adaya kayıtlı tekneler genelde küçük ölçekli kıyı balıkçı tekneleridir.
Adada 3 balıkçı barınağı bulunmaktadır. Bunlar Kuzulimanı, Kaleköy ve Uğurlu Limanlarıdır.

Süngercilik
Gökçeada 70'li yıllara kadar önemli süngercilik merkezlerinden biriymiş. 1968 yılında 22 süngerci tekne yılda ortalama 15 ton sünger çıkarırmış. 1986 yılında Akdeniz'de başlayan sünger hastalığı Gökçeada'ya da ulaşınca süngercilik diye bir meslek kalmamış.
Ama Gökçeada civarında hala sünger çeşitlerine rastlanıyor. 2001 yılında yapılan araştırmada Gökçeada Sualtı Parkında 13 çeşit sünger saptanmış.